Một thời gian ngắn sau lần sinh nhật lần thứ 80, Đức Hồng Y Gioan.B Phạm Minh Mẫn từ nhiệm khỏi vị trí TGM Sài Gòn, lên kế nhiệm ngài là Đức TGM Bùi Văn Đọc. Vị Tân TGM Sài Gòn hiện còn là chủ tịch của Hội Đồng Giám Mục Việt Nam.
Vào năm 2009, Đức TGM đã viết một bài bình luận về mối quan hệ giữa Việt Nam và Giáo Hội, trong ánh sáng của dịp kỷ niệm Năm Thánh Giáo Hội Việt Nam, sau cuộc qui tụ ngày 24 tháng 11 năm 2009 với gần 100.000 người Công giáo trong cả nước.
Cuộc qui tụ, Đức TGM Bùi Văn Đọc lưu ý, diễn ra trong bối cảnh sau nhiều năm quan hệ khó khăn, và tài sản của Giáo Hội bị tịch thu.
Trong bài diễn văn vào năm 2012 tại Hội nghị Liên Hội đồng Giám mục Á châu, Đức Tổng Giám Mục Bùi Văn Đọc đã đề xuất tăng cường đối thoại giữa Giáo Hội và các học thuyết vô thần được Hà Nội tán thành, nhấn mạnh sự khác biệt giữa xu hướng thế tục hóa ở phương Tây với những gì đã xảy ra ở phương Đông, để tìm ra cách thức mới để rao giảng Tin Mừng.
Cũng trong tháng Mười Hai năm đó, Đức Tổng Giám Mục Bùi Văn Đọc cũng đã ban hành vào ngày 11 tháng 12 năm 2012, một bản bao gồm những hướng dẫn và nguyên tắc cho chương trình mục vụ của Giáo Hội tại Việt Nam. Ngài nhấn mạnh rằng, Giáo Hội phải là ‘[Giáo Hội] của người nghèo và cho người nghèo’ cũng như là ‘[Giáo Hội] của mọi người và cho mọi người’, để thi hành chức danh ‘Công giáo’, loan báo Tin Mừng và đóng góp cho xã hội.
CNA cho biết thêm, một trong những mục tiêu của Đức Giáo hoàng Biển Đức XVI là thiết lập mối quan hệ ngoại giao [với ViệtNam
“Để đánh giá cao những cử chỉ này, hôm nay tôi muốn cảm ơn họ và gửi một lời chào trân trọng tới những nhà chức trách dân sự của các quốc gia ấy. Hơn nữa tôi xin bày tỏ hy vọng rằng, tôi sẽ được nhìn thấy họ hiện diện tại Tòa Thánh … Tôi yêu mến những cộng đồng và những dân tộc thuộc về họ, và đảm bảo rằng tôi sẽ nhớ họ trong lời cầu nguyện”, ngài nói tiếp.
Mùa hè năm đó, đoàn đại biểu Chính phủ Việt Nam đã đến thăm Vatican, và sau đó vào năm 2007, thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng cũng có chuyến thăm Đức Giáo Hoàng Biển Đức XVI.
Ba vòng đàm phán giữa Tòa Thánh và Việt Nam sau đó cũng đã diễn ra, trong đó sứ thần Tòa Thánh tại Singapore được bổ nhiệm làm đại diện không thường trú tại Việt Nam.
Chủ tịch nước Việt Nam đã gặp Đức Giáo Hoàng Biển Đức XVI tại Rôma vào năm 2009, cũng như ông Nguyễn Phú Trọng, Tổng bý thư Ủy ban Trung ương Việt Nam
